近日，生物信息学领域顶级期刊《bioinformatics》（生物领域Top期刊，中科院计算生物学领域1区，影响因子6.937）在线发表了西南交通大学生命科学与工程学院郭志云副教授团队的论文“TFcancer: a manually curated database of transcription factors associated with human cancer”。论文的第一作者为生命学院硕士毕业生黄晴晴以及在读硕士生谭政堂，通讯作者为郭志云副教授，西南交通大学为唯一署名单位和通讯作者单位。本论文得到了西南交通大学信息与网络中心以及学院信息网络部门的大力支持！
转录因子 (TF) 是基因表达中关键的调控元件，它的失调可导致多种癌症的发生。目前围绕转录因子开发的抗肿瘤药不胜枚举，因此肿瘤研究人员对于转录因子的功能高度关注。尽管它与癌症之间的关联非常紧密，但目前还没有大规模收集、存储和分析转录因子与癌症之间关联性的在线资源。针对此问题，郭志云副教授团队花了近3年时间开发了 TFcancer数据库 (http://lcbb.swjtu.edu.cn/tfcancer/) ，该数据库包含了364个TF和33个TCGA癌症之间由3,136个实验支持的关联信息。TFcancer主要涉及四个方面：转录因子在癌症中的表达、转录因子在癌症中的分子改变、转录因子与靶基因之间的调控关系以及转录因子在癌症中的生物学过程和信号传导途径。TFcancer 不仅提供了一个用户友好的浏览和搜索界面，而且允许灵活的数据下载和用户数据提交。对于寻求研究人类癌症中转录因子的功能和分子机制的研究人员来说，TFcancer 是一个非常有价值的在线数据库。对于科研人员和制药公司人员,此数据库的大规模应用有望为基于转录因子及其上下游关键靶点的药物开发提供强有力的数据支撑。
郭志云老师团队长期从事生物信息与计算生物学研究工作，运用生物信息学与分子生物学手段，围绕肿瘤等人类重大疾病，在肿瘤的分子调控，肿瘤标志物识别与抗肿瘤药物研发等方面取得了重要进展。研究方向涉及肿瘤等复杂疾病调控机理、基于高通量测序的精准医疗与健康大数据挖掘、人工智能与数据库开发、分子模拟与计算机辅助药物设计。迄今，已发表国内外期刊文章32篇并担任Frontiers in Bioengineering and Biotechnology，Frontiers in Genetic等多个杂志编委。
论文链接：https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article-abstract/doi/10.1093/bioinformatics/btab405/6284958?redirectedFrom=fulltext
